Consanguinité

Cette partie explique les notions de "consanguinité" et "parenté" utilisées par GeneWeb et comment elles sont calculées.

Consanguinité et Parenté

Le génome d'un individu est constitué d'un grand nombre de gènes qui, si l'on ignore les mutations, se reproduisent de façon identique. Les gènes peuvent servir à mesurer l'identité d'une personne.

Les gènes sont disposés à des emplacements précis appelés "locus". Chaque individu possède pour chaque locus deux gènes, l'un transmis par sa mère, l'autre par son père,et transmet à ses enfants un copie de l'un de ses gènes.

La Consanguinité d'un individu x est la probabilité cg(x) de trouver à un locus donné deux gènes identiques.

La Parenté de deux individus x et y est la probabilité pr(x,y) de trouver à un même locus deux gènes identiques.

Calculs

Un calcul de probabilité montre que:

La consanguinité cg(x) est égale à la parenté pr(px,mx) des parents px et mx de x.

Si x..a..y est un lien de parenté minimal entre x et y (c'est-à-dire tel que les branches x..a et a..y n'ont que a comme personne commune), alors il contribue à la parenté de x et y d'un facteur:
```
      1
     ---- (1 + cg a)
      n+1
     2
```
où n est la longueur (distance x..a + distance a..y) du lien de parenté x..a..y.
La parenté de x et y est la somme des contributions de tous leurs liens de parenté minimaux.

GeneWeb

GeneWeb affiche la consanguinité et la parenté sous forme d'un pourcentage.

Statistiquement, sur le grand nombre de locus d'un individu, la consanguinité correspond en gros au pourcentage de ses locus contenant des gènes identiques.

Les algorithmes de consanguinité et de parenté ont été écrits par Didier Rémy, directeur de recherche à l'INRIA. Merci à lui.

Références

Albert Jacquard. Structures Génétiques des Populations. Masson & Cie, 1970.

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